1912年8月，同盟会改组成国民党，孙中山被推举为理事长。1913年3月，袁世凯刺杀国民党代理理事长宋教仁，孙中山主张武力讨袁；7月发动二次革命，失败后再度出亡日本。1914年6月，孙中山在东京组织中华革命党。1915年5月初回到国内，继续为捍卫共和制度而斗争。旋又返日，10月25日在东京与宋庆龄结婚。1917年7月，因段祺瑞为首领的北洋军阀解散国会和废弃《临时约法》，孙中山联合西南军阀在广州建立军政府，9月被推举为大元帅，进行护法战争。但孙中山在军政府内备受军阀、政客的排挤，不得不于1918年5月辞去大元帅职务，经日本赴上海。

　　1917年俄国十月革命胜利，孙中山于1918年夏致电列宁和苏维埃政府祝贺俄国革命。1919年的五四运动，给予他以很大的鼓舞。孙中山从1920年开始与苏俄人士接触，1921年12月在桂林会见共产国际代表Ｇ.马林。1922年4月，又在广州与苏俄的全权代表会见。1919年10月，宣布中华革命党改组为中国国民党。1920年8月，孙中山指示驻闽粤军回师广东，驱逐了桂系军阀。11月，孙中山回到广州，重举护法旗帜。1921年5月，在广州就任非常国会推举的非常大总统，接着消灭了陆荣廷的势力，准备以两广为根据地北伐。掌握广东军队统率权的陈炯明，于1922年6月发动叛乱。孙中山脱险后率海军反击叛军，因待援无望，被迫离开广州赴上海。陈炯明的叛变使孙中山陷于极为困难的境地，他决心接受共产国际和中国共产党的帮助，欢迎李大钊等共产党人以个人身分加入中国国民党。1923年1月，与苏联代表А.А.越飞发表《孙文越飞宣言》，奠定了联俄政策的基础，随即派廖仲恺赴日与越飞谈判。